Ancak I. aşamadaki (iltihap yayılmasının kesilmesi) yöntemlerle giderilmeyen patolojik değişiklikler mevcut ise, bunların cerrahi olarak tedavi edilmesi gerekir. Burada aşağıda belirtilen tedavi teknikleri ön planda gelmektedir:

• Kapalı küretaj,
• Açık küretaj veya parodontal flap operasyonu,
• Gingivektomi (dahili veya harici),
• Gingivoplastik,
• Yönlendirilmiş doku rejenerasyonu (“YDR” veya Guided tissue regeneration = GTR),
• Mukoza transplantın yerleştirilmesi
• Vestibulumplastik,
• Osteoplastik

1970’li yıllardan beri radikal cerrahi cep kısaltmasından uzak bir trend gelişmiştir. Diş eti artık kesinlikle kısaltılmamakta ve diş eti bu surette kesilmemektedir. Çağdaş parodontal tedavide diş kökü yüzeyinin temizlenmesi suretiyle cebin iltihaba bağlı olarak derinleşme nedeni ortadan kaldırılır. Gingiva bundan sonra tekrar büyümez, ancak iltihap bariz bir şekilde geriler.