При наличии патологических изменений, которые невозможно устранить в рамках фазы I (прерывание распространения воспаления), необходимо хирургическое лечение.

• закрытый кюретаж
• открытый кюретаж или лоскутная операция на пародонте;
• гингивэктомия (внутренняя или внешняя),
• гингивопластика,
• направленная тканевая регенерация (Guided tissue regeneration = GTR),
• пересадка слизистой оболочки,
• пластика преддверия полости рта,
• остеопластика

С 1970-х годов существует тенденция к отходу от радикального хирургического укорочения карманов. Больше не производится укорочение десны и обрезание кармана. В рамках современных методов лечения пародонта причину воспалительного углубления кармана ликвидируют путем очистки поверхности корня. В результате этого десна не прирастает снова, однако воспаление значительно уменьшается.