Jeżeli istnieją zmiany patologiczne, których nie udało się usunąć w fazie pierwszej (powstrzymanie procesów zapalnych), konieczne jest ich leczenie chirurgiczne. W pierwszym rzędzie do dyspozycji są następujące techniki:

• kiretaż zamknięty,
• kiretaż otwarty lub operacja płatowa,
• gingiwektomia (wewnętrzna lub zewnętrzna),
• plastyka dziąsła,
• sterowana regeneracja tkanek (guided tissue regeneration = GTR),
• przeszczep błony śluzowej,
• plastyka przedsionka jamy ustnej,
• plastyka kości.

Od lat 70. nie przeprowadza się radykalnego chirurgicznego spłycania kieszonek. Nie usuwa się już w całości dziąseł w celu zlikwidowania w ten sposób kieszonek. W nowoczesnej terapii chorób przyzębia poprzez czyszczenie powierzchni korzenia usuwana jest przyczyna pogłębiania się kieszonki związanego z obecnością stanu zapalnego. Po takim leczeniu dziąsło wprawdzie nie przyrasta z powrotem do zęba, ale zapalenie wyraźnie ustępuje.