En el caso de que siga habiendo alteraciones patológicas, que no hayan podido subsanarse con la fase I (interrupción de la expansión de la inflamación), éstas deberán tratarse quirúrgicamente. En este caso se aplican principalmente las siguientes técnicas de tratamiento:

• Curetaje cerrado,
• Curetaje abierto u operación de colgajo periodontal,
• Gingivectomía (interna o externa),
• Gingivoplastia,
• Regeneración controlada de tejido ("Guided tissue regeneration" = GTR),
• Transplante de mucosa,
• Vestibuloplastia,
• Osteoplastia.

Desde los años setenta del siglo XX se ha ido desarrollando una tendencia que renuncia al radical recorte quirúrgico de las bolsas. La encía ya no se recorta por principio y ya no se elimina la bolsa. En el moderno tratamiento periodontal el hundimiento de la bolsa por inflamación se subsana mediante la limpieza de la superficie de la raíz. Ello no conlleva el crecimiento posterior de la encía, pero la inflamación baja claramente.